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PyMol是一款强大的分子可视化软件，能以精美的图形展示分子结构，支持多种文件格式，在科研领域应用广泛。
它让我印象深刻的功能是可以自定义分子的显示方式。之前我在研究蛋白质结构时，需要重点观察特定区域的氨基酸残基相互作用。通过PyMol自定义显示，我能隐藏无关部分，突出显示目标区域，清晰看到残基间的化学键和空间关系，大大提高了分析效率。
PyMol软件介绍
软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子(英文为molecule)结构的软件。
PyMol软件特色
PyMOL的界面主要由两个部分组成，控制窗口(Control window)和显示窗口(Viewing window)。其中控制窗口主要包括菜单栏(Pull-down menus)、操作记录窗口(Feedback window)、常用控制按钮窗口(Control Buttons)、命令窗口(Command line);显示窗口主要包括可视化窗口(Display area)、对象列表(Object menu)、鼠标模式(Mouse hints)、动画控制(Movie controls)以及命令窗口(Command line)。
PyMol软件操作
在对象列表窗口可以看到，每个对象都有A S H L C五个按钮，这五个按钮分别表示Action、Show、Hide、Label、Color，可以对相应的对象完成一些操作。
“A”按钮可对相应对象进行各种处理，如居中、重命名、标记、删除等等;也可以使用预设的方案展示3D结构。
“S”按钮可设置相应对象的显示样式
“H”按钮可隐藏相应对象的某种样式，也可以灵活的隐藏某些特定结构
“L”按钮可对相应对象添加标签此外，可以在菜单栏点击“Setting -> Label”对标签的字体、大小、颜色等进行更改添加标签后，标签可能会被结构遮挡，此时就需要移动标签。在鼠标模式窗口，点击“Mouse Mode”后面的“3-Button Viewing”变为“3-Button Editing”，然后按住键盘“Ctrl”键不放，将鼠标移动到残基标签上方，并按下鼠标左键不放，然后拖动鼠标，就可以调整标签的位置。
“C”按钮可对相应对象的颜色进行更改，可选择使用系统预设的配色方案，如点击“C -> by ss -> Helix Sheet Loop”使3D结构按照二级结构着色。
PyMol更新日志
1.将bug扫地出门进行到底
2.有史以来最稳定版本
