Geneious For Mac11.0.5 官方版

Geneious For Mac是一款专为Mac系统打造的强大生物信息学软件，集序列分析、基因注释、序列比对等多功能于一体，操作便捷且功能全面。让我印象深刻的是它的可视化序列比对功能。之前我在分析多个基因序列的差异时，面对复杂的数据头疼不已。用了这个功能后，它能清晰直观地展示序列间的异同，就像给数据做了“标记”，大大节省了分析时间，提高了工作效率。

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Geneious For Mac软件功能

1、NGS分析和基因组学

使用行业领先的算法，包括TopHat和Velvet，Illumina、PacBio或Torrent读数(任何长度、成对端、条形码)的从头组装或参考映射。对数据的综合分析，包括基因组浏览器、持续的可视化、SNP调用和RNA-Seq表达式分析。

2、序列图和色谱分析

修剪、组装和查看Sanger排序跟踪文件，正确的碱基调用并创建一致的序列。基因预测、模式、翻译和变异调用的自动标注。基因型微卫星跟踪自动梯拟合和峰值调用和生成等位基因表。

3、对齐和树构建

使用包括MAFFT和ClustalW在内的可信算法对DNA或蛋白质进行成对和多种比对。查看和编辑实时翻译和突出显示。使用包括RAxML和PAUP在内的同行评审算法构建系统树，并为公开准备的图形调整显示设置。

4、分子克隆

查看质粒图，自动注释矢量并用注释复制粘贴序列。寻找限制站点、消化、连接和执行Golden Gate，Gibson和Gateway克隆。设计引物，找到CRISPR站点并优化密码。在克隆过程中跟踪历史和亲子后代谱系。

5、搜索、共享和自动化

针对NCBI进行批量BLAST，并直接搜索GenBank。使用无缝集成的共享库集中和协作数据。导入和导出大多数行业标准文件格式。建立自动化的工作流程，以提高效率，控制业务流程，并减少您的研究中的人为错误。

6、SnapGene文件导出

将SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中，无缝地导入序列及其注释和其他元数据。

7、CRISPR-CPF1特异性评分

自信地选择最佳CRISPR-CPF1引导RNA位点使用新的特异性评分，这是根据对您选择的数据库的非目标分析计算出来的。

8、智能NGS导入

只需一个简单的步骤就可以将任何类型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中，即使您有不同的样品和参考序列的混合物。

9、CRISPR Cpf1选项

添加了CRISPR-CPF1与5’PAM位点的支持。在A和T丰富序列中找到位点，并在体内具有更高的裂解效率。

10、RNA-Seq表达分析的火山图

在交互式火山图中可视化基因表达，可以用来突出和跳转到差异表达基因。

11、限制性位点无表型突变分析

自动识别在不影响蛋白质的情况下引入限制位点的编码序列中的点突变。

12、漂亮的PCA图

具有更好的标签和新的可视化选项，创建漂亮的PCA图形。

13、创建酶制剂

不再从其他来源获取信息。现在您可以很容易地创建您自己的酶组。

14、更好的FASTQ导入功能

在导入过程中，成对读取可以相互关联，而Geneious会猜出它们是如何配对的。还可以设置读取技术。

15、为细菌基因组比对更新Mauve插件

现在包括对序列列表的支持和用于重新排序重叠群的MCM操作，使draft基因组对齐和进行基因组整理成为可能。

16、更好的BLAST服务器管理

一次设置多个BLAST服务器镜像，每次搜索时，选择最好的一个。不用每次切换镜像。

17、NCBI BLAST云支持

有了NCBI BLAST云之后，设置您自己的BLAST镜像变得更为简单。如果您以这种方式创建一个镜像，Geneious可以与它连接起来。

18、按索引连接

连接序列列表并按索引对齐，而不是按照名称对齐，这对于合并不完全重叠的成对读取非常有用。

19、序列列表的CSV/TSV导出

将序列表中的所有序列连同它们的元数据一起导出到CSV或TSV中，这样您就可以将它们放在Excel中或类似的情况下进行进一步分析。

Geneious For Mac软件特色

Geneious结合了所有主要的生物信息学分析工具。 Geneious提供一个免费的学术使用的基本版本，一个提供更多功能的付费商业增强版本.

序列比对和序列观看

Motif搜索和开放读码框(ORF)

进化树建设UPGMA，NJ bootstrapping和consensus trees

Contig assembly和色谱编辑

限制性内切酶分析

PCR引物设计

蛋白质结构的观看

整合数据库-集成检索与GenBank，PubMed，BLAST和UniProt

通过互联网协作和共享数据

生物信息教学-创建教程与直接联系的材料

公共API开发，由社区开发的生物信息学的免费插件

各种标准的生物信息学等应用工具ClustalW，MrBayes，EMBOSS,PAUP和Mauve。

Geneious For Mac使用说明

1、打开geneious

2、初始界面如下图：

3、Alignment可用于比对，tree建树，assembly拼接。 序列拼接

右键点击local，创建新文件夹，测序公司提供*.abi格式文档，可直接拖动，或者file-import。 导入完成后结果如图

4、为了准确可再次导入一个参考序列。

5、选择需要拼接的序列和参考序列进行assembly，(示例：DTH8和DTH8-13F/R)，弹出窗口

6、参考序列为DTH8(自动识别)，选择不要剪切----ok。拼接完成图

7、按住ctrl，向上滚动鼠标即可放大，与参考序列一致颜色不变

8、与参考序列不一致颜色蓝色

9、此时选择上面的峰，第一个不一致处，多出一个G，点击allow editing，光标变为绿色，将其放在consensus上，删除“-”

10、下面一行的G则被删除，序列校正过后再点击allow editing，如图

11、下一处不同竖着看--A--A---,选择A，不需要修改。

整个序列校正完毕后，点击save

若需要导出序列选择consensus，全选该序列，点击file-export-selected documents

Geneious For Mac更新日志

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